融合基因是指两个不同基因的部分或全部序列相连形成的新的混合基因，其编码产生的融合蛋白能够介导肿瘤的发生发展。在非小细胞肺癌（NSCLC）中，基因融合作为一类重要的分子变异，是靶向治疗的理想靶点，因此，精准检测NSCLC中的基因融合以筛选可从相应靶向治疗中获益的患者至关重要。但由于基因融合的形成机制多样，检测平台众多，其临床检测相对复杂，不同基因在检测上存在共性和特性，现有相关指南和共识或仅针对单个基因的检测，或针对整个NSCLC驱动基因变异谱的检测，缺乏针对融合基因、涵盖其共性和特性的检测临床实践共识意见，故不足以为融合基因的临床分子检测提供全面的指导和建议。因此，由具有丰富理论和检测实践经验的临床与病理专家共同发起并制定本共识，旨在为NSCLC融合基因的精准检测提供指导和帮助。

本共识制定计划已在国际实践指南注册平台（http：//www.guidelines-registry.org/）注册。基于国内外临床实践数据并结合我国国情与分子检测需求，由50位临床与病理专家通过共识会议和线上投票形成推荐意见和推荐等级。本共识共总结了12条检测相关意见要点，参考推荐等级的评估、制订和评价（GRADE）方法，分为“强烈推荐”“推荐”和“无共识”3个等级。其中专家组投“非常同意”的票数超过2/3的意见为“强烈推荐”，专家组投“非常同意”+“基本同意”的票数超过2/3的意见为“推荐”，否则不达成共识。

基于靶向药物的可及性，本共识将融合基因分为必检基因与扩展基因两类。必检基因包括间变性淋巴瘤激酶（ALK）、c-ros原癌基因1（ROS1）、转染重排原癌基因（RET）和神经营养因子受体酪氨酸激酶（NTRK）；扩展基因主要包括神经调节蛋白（NRG）、成纤维细胞生长因子受体（FGFR）、间质表皮转化因子（MET）、表皮生长因子受体（EGFR）、人类表皮生长因子受体2（HER2）和鼠类肉瘤滤过性毒菌致癌同源体B1（BRAF）等（表1）。各融合基因在NSCLC中的发生频率差异较大（0.05%~8.00%）。需要特别说明的是，作为NSCLC驱动基因变异谱的一部分，尽管融合基因检测方法有其特性，但在临床实践中，检测策略的优化需综合考虑其他驱动基因的检测。

推荐意见1：推荐病理学诊断为肺腺癌（包括含腺癌成分）的晚期初治NSCLC患者及靶向药物治疗后耐药的NSCLC患者进行融合基因检测（强烈推荐）；建议经活检组织病理学诊断为非腺癌的晚期NSCLC患者及术后明确为浸润性腺癌的Ⅱ~Ⅲ期NSCLC患者进行融合基因检测（推荐）。

融合基因阳性NSCLC患者占所有NSCLC患者的8%~12%^{［1, 2］}。目前已有多种针对不同基因融合的酪氨酸激酶抑制剂（TKI）获批用于临床治疗（表1），融合基因阳性的晚期NSCLC患者可从相应靶向治疗中显著获益^［3］。另外，多项研究显示，受体酪氨酸激酶融合是NSCLC患者接受特定靶向药物治疗后获得性耐药的机制之一^［4］。因此推荐初治和靶向药物经治后耐药的晚期NSCLC患者进行融合基因检测，从而为此类患者治疗策略的制定提供依据。此外，研究显示，在可手术切除的NSCLC患者中，与融合基因阴性患者相比，ALK等融合基因阳性患者的术后无复发生存时间较短^［5］，提示此类患者更应进行密切随访和术后积极辅助治疗。

推荐意见2：推荐首选肿瘤组织学标本进行融合基因检测，无法获取足够肿瘤组织学标本时，可选择细胞学标本。在检测融合基因前，由专业的病理医师对组织或细胞学标本进行肿瘤细胞含量评估（强烈推荐）；无法获取足够肿瘤组织学或细胞学标本时，建议选择液体活检作为补充检测手段（推荐）。

NSCLC患者进行融合基因检测时应首选肿瘤组织学标本，无法获取足够组织学标本时可选用细胞学标本，组织学或细胞学标本应由专业的病理医师进行肿瘤细胞含量评估（包括肿瘤细胞比例及数量）。若组织学和细胞学标本均不可及或无法满足检测需求，可选用液体活检标本（血液、浆膜腔积液、脑脊液等的上清液）^{［6, 7, 8］}。但液体活检用于融合基因检测具有较高的假阴性率，研究显示，在初治晚期NSCLC患者中，基于循环肿瘤DNA（ctDNA）的杂交捕获二代测序检测ALK融合的灵敏度仅为64.7%~79.2%^{［9, 10］}。

推荐意见3：应根据送检标本类型、肿瘤细胞含量、标本质量、所检融合基因特点、平台可及性、检测周期及费用等因素，合理选择检测平台及方式，必要时可多平台互补和验证（强烈推荐）。

目前常用的融合基因检测方法包括荧光原位杂交（FISH）、免疫组织化学（IHC）、即时荧光定量聚合酶链反应（qRT-PCR）和二代测序等。

1.FISH：是通过荧光标记的探针与细胞核内的DNA靶序列杂交，并在荧光显微镜下观察分析基因扩增或融合变异的一种分子检测技术，一般被认为是检测基因扩增和融合的“金标准”，但也存在一定的局限性。如并非所有检测到的融合均会产生可表达的融合RNA，分离探针可能会遗漏较小的染色体内重排导致假阴性结果，无法确定和区分不同的融合基因变异亚型等^［11］。此外，FISH检测依赖人工判读，对诊断医师要求较高，且检测费用高。

2.IHC：是利用抗原抗体反应和化学显色原理，检测组织或细胞学切片中特定蛋白表达的技术。IHC检测灵敏度高、成本低、检测时间短、易于自动化，但其准确性取决于检测的融合蛋白是否有经过验证的抗体，如Ventana-D5F3 IHC检测肺腺癌患者ALK融合的准确性高，而ROS1和NTRK阳性IHC结果尚需其他检测方法验证^［11］。此外，IHC结果的准确性同样依赖病理医师的判读。

3.qRT-PCR：可在RNA水平检测NSCLC中的融合RNA，灵敏度高、检测时间短，但仅限于检测引物设计范围内的已知融合，无法检出未知融合^［11］。此外，该方法检测结果的准确性高度依赖标本RNA的质量。

4.靶向二代测序：可以通过大规模平行测序的方法，对引物或探针设计范围内的区域同时进行多个融合基因检测^［12］。根据核酸投入物的不同，靶向二代测序可在DNA或RNA水平检测基因融合。（1）靶向DNA二代测序通过杂交捕获建库，仅使用DNA就可同时对多个肿瘤相关基因的突变、扩增、融合及肿瘤突变负荷（TMB）、微卫星不稳定状态进行检测，极大地节约了标本量，并且能够在DNA水平确定基因融合的断点位置和融合伴侣，检出已知和未知的基因融合。若无法获得组织学/细胞学标本或者标本量不足以进行检测，可以从体液标本中提取ctDNA进行二代测序检测^［13］。但是，DNA二代测序检测基因融合受肿瘤细胞含量、标本DNA质量、捕获探针覆盖度及DNA层面复杂基因变异等影响，可能会出现漏检^［1，14］。另外，随着DNA二代测序在临床分子检测中的广泛应用，越来越多携带罕见伴侣的激酶融合被发现，但某些罕见融合并不能产生有功能的融合RNA/蛋白^［15］。（2）RNA二代测序可以通过多重PCR扩增、锚定多重PCR或杂交捕获建库在RNA水平检测融合转录本。与DNA二代测序需要对外显子和内含子区均进行探针捕获相比，RNA测序仅需要针对外显子区设计引物或探针，相对简单、经济，不受DNA层面复杂融合的影响，且RNA二代测序能直接真实地反映转录水平融合的表达情况及融合伴侣基因类型。但是，RNA二代测序对RNA的质量要求较高，尤其是基于杂交捕获平台的RNA二代测序^［12］。需要注意的是，二代测序检测流程相对复杂，试剂平台众多，须充分关注所用平台技术参数，尤其是Panel设计的覆盖范围和生物信息分析参数，并建立严格的质量控制体系。

5.其他：全基因组测序可以在DNA层面检测所有已知和未知融合，但需要大量的起始DNA，且平均覆盖度较低。全转录组测序可以在RNA层面检出所有已知和未知融合转录本，但对RNA的质量和总量要求高。由于全基因组测序和全转录组测序检测对标本质控要求高，数据分析流程复杂，限制了其在临床检测中的广泛应用^［14］。NanoString技术可基于条形码探针标记对特定RNA分子进行计数和定量，无需逆转录或扩增步骤，因此可用于质量不佳的甲醛固定石蜡包埋（FFPE）标本的基因融合检测。与二代测序相比，NanoString的操作流程耗时较短，数据分析简单^［16］，但目前受限于设备及探针试剂的可及性，其在临床检测中应用的数据尚少。

推荐意见4：DNA层面检出的罕见融合伴侣、外显子断点融合及基因间融合应在RNA或蛋白水平进一步验证（强烈推荐）。

基因融合主要通过染色体结构重排形成，常见的染色体重排发生机制包括倒置、易位、插入、缺失、串联重复、染色体碎裂等，从而在DNA层面形成基因融合^［12］。根据5′和3′端基因断点在基因组的位置不同，基因融合可分为基因内融合、基因间融合和混合性融合。

1.基因内融合：又分为内含子断点融合和外显子断点融合，内含子断点融合是最常见的融合形式，5′和3′端基因的融合断点均在内含子区，因上下游基因的编码序列均保留完整，绝大多数内含子断点融合能够形成有功能的融合RNA^［2］。但仍有少数病例可能会因5′和3′端基因转录方向不同（对向或反向）而无法形成融合RNA，这些病例的融合伴侣常为罕见基因。因此推荐对DNA二代测序检出的携带罕见伴侣的融合应在RNA或蛋白水平进一步明确^［2，17］。外显子断点融合：即5′和3′端基因的融合断点有1个或2个位于外显子区，形成“外显子-内含子”“内含子-外显子”或“外显子-外显子”形式的融合。研究发现，在外显子断点融合中，约80%可以形成有功能的融合RNA，而约20%可能因开放读码框架的中断或5′和3′端基因的转录方向不同而无法形成有功能的融合RNA^［2］。因此推荐DNA二代测序检出的外显子断点融合应在RNA或蛋白水平进一步明确，尤其是罕见融合伴侣或“外显子-内含子/外显子”形式的融合。

2.基因间融合：即5′和3′端基因的融合断点有1个或2个位于基因间非编码区，形成“基因间-内含子”“内含子-基因间”或“基因间-基因间”形式的融合^［2］。研究发现，在基因间融合中，约80%能够形成有功能的融合RNA，而约20%可能因缺少转录所需启动元件（如启动子、起始密码子等）等原因无法形成有功能的融合RNA^［15］。因此，基因间融合应在RNA或蛋白水平进一步明确。

3.混合性融合：混合性融合的融合断点位置多样，包括“基因间-外显子”“外显子-基因间”或多个融合（主要是相互融合，即同时存在3′融合和5′融合）且各个融合断点类型不同^［2］。如检出“基因间-外显子”或“外显子-基因间”融合，推荐应在RNA或蛋白水平进一步明确。

推荐意见5：DNA水平检测驱动基因为阴性的NSCLC患者建议在RNA或蛋白水平进一步检测基因融合，尤其是年轻、女性、不吸烟、TMB低的黏液/实性肺腺癌患者（推荐）。

基因融合亦可通过RNA剪接形成，在基因转录过程中，来自相邻或不相邻的2个基因的外显子之间可通过剪接形成融合RNA，此类融合变异无法通过基于DNA的检测方法检出^［12］。因此在临床检测中，对于DNA水平检测驱动基因为阴性的病例，推荐必要时可在RNA或蛋白水平进一步明确。基于携带融合基因变异NSCLC患者的临床病理特点，尤其需关注年轻、女性、不吸烟且TMB低的黏液/实性腺癌患者。

推荐意见9：基于靶点基因变异全面检测的必要性及平台的适用性，晚期初治NSCLC患者应通过二代测序或qRT-PCR进行包括融合基因在内的多基因检测（强烈推荐）。

晚期初治NSCLC患者分子病理检测的推荐流程如图1所示。对于可获取组织学或细胞学标本且标本可满足检测需求（包括肿瘤细胞比例和数量合适）的晚期初治NSCLC患者，根据实验室条件，推荐首选DNA二代测序同时检测包括ALK、ROS1、RET、NTRK等在内的多种融合基因，对于检出的外显子断点融合、基因间融合、罕见融合伴侣或驱动基因检测为阴性的，建议通过RNA二代测序验证。如果考虑检测周期的时限性，且检测标本充足时，qRT-PCR多基因联检可作为首选检测方法。鉴于IHC检测ALK融合的优点，可同时进行ALK Ventana-D5F3 IHC检测。如果二代测序不可及、肿瘤细胞数量较少或标本质控无法满足二代测序要求时，可依据实验室平台的适用性、成本和/或组织标本量，选择qRT-PCR检测；如果检测结果为阴性或判读模糊，应使用FISH、IHC或考虑使用二代测序方法进行验证。对于无法获取组织学或细胞学标本或标本中肿瘤细胞比例低的患者，可尝试通过液体活检（血液、浆膜腔积液、脑脊液等）进行二代测序检测，但如果未检测到基因融合及其他驱动基因变异，仍需要进行肿瘤组织检测，以排除假阴性结果的可能。

推荐意见10：靶向治疗耐药后再次活检的患者建议使用二代测序同时检测多种基因变异（推荐）。

鉴于不同的受体酪氨酸激酶融合（包括RET、ROS1、ALK、FGFR、NTRK融合）可能是接受特定靶向药物（如EGFR TKI）的NSCLC患者在治疗后发生获得性耐药的重要机制之一，并且融合变异类型多样，因此对于发生靶向治疗耐药后需要检测潜在耐药机制的患者，建议使用高通量方法（如二代测序）检测包括融合基因在内的基因变异。

推荐意见11：术后诊断为浸润性腺癌的Ⅱ~Ⅲ期NSCLC患者建议通过IHC检测ALK融合，或通过qRT-PCR或二代测序进行多基因检测（推荐）。

对于可手术切除的NSCLC患者，切除标本融合基因检测结果可为术后随访和治疗提供一定参考。出于对成本效益的考虑，术后诊断为浸润性腺癌的Ⅱ~Ⅲ期NSCLC患者可通过IHC筛选融合基因（如采用Ventana-D5F3 IHC检测ALK融合），或通过qRT-PCR或二代测序进行多基因检测。

推荐意见12：如果不同检测平台的检测结果不一致，推荐用第3种平台进行验证（强烈推荐）。

临床医师、组织病理医师和分子病理检测人员应及时就分子检测进行必要的沟通，包括检测前、检测后和靶向治疗耐药后再次检测时。建议可组建分子肿瘤专家委员会，及时对疑难病例进行沟通交流。不同检测平台的检测结果不一致时，必要时可用第3种平台进行验证，确保检测结果无异议，才可进行相应的靶向治疗。

在真实世界中，融合基因的检测易受实验室条件和患者个体标本差异等多种因素的影响，可参考本共识中的建议，因地制宜地选择合适的检测方式，以期最大限度为患者的精准治疗提供帮助。

免责声明 本文中公布的临床实践共识内容由专家组成员依据现有医学证据及临床实践经验共同讨论形成，以帮助相关人员进行非小细胞肺癌融合基因的分子病理检测，其中的内容可能不够全面或不够充分。医学知识发展迅速，在本共识产生到发表期间均可能出现新的证据，而这些可能并没有体现在本共识中。另外，因检测流程复杂、实验室条件差异以及患者之间存在个体差异等影响检测决策或结果，因此，本共识中内容的采用应结合检测条件、政策许可以及专业人员的专业知识独立判断。对本共识内容的使用是自愿的。专家组成员明确否认对文中所提及的任何产品具有商业性目的。专家组对因使用本共识内容而造成的或与之相关的任何人身伤害或财产损失，或任何错误或遗漏不承担责任。

共识编写专家组成员（按单位名称汉语拼音字母顺序排列）：北京大学肿瘤医院胸部肿瘤内一科（赵军）；复旦大学附属肿瘤医院病理科（周晓燕）；哈尔滨医科大学附属肿瘤医院精准医学中心（孟宏学），呼吸内科（于雁）；河南省肿瘤医院分子病理科（马杰），肿瘤内科（王慧娟）；华中科技大学同济医学院附属协和医院肿瘤中心胸部肿瘤科（董晓荣）；南方医科大学南方医院呼吸内科（刘来昱）；山西省肿瘤医院病理科（郗彦凤）；上海市胸科医院 上海交通大学医学院附属胸科医院肿瘤科（陆舜、李子明）；四川大学华西医院病理科（唐源）；四川省肿瘤医院肿瘤内科（李娟）；西安交通大学第一附属医院肿瘤内科（姚煜）；浙江省肿瘤医院病理科（苏丹），胸部肿瘤内科（范云）；中国医学科学院 北京协和医学院 北京协和医院病理科（梁智勇）；中国医学科学院 北京协和医学院 肿瘤医院病理科（李卫华、应建明）；中山大学孙逸仙纪念医院细胞分子诊断中心（欧阳能太）

共识讨论及投票参与专家（按单位名称汉语拼音字母顺序排列）：北京医院病理科（王征）；福建省肿瘤医院病理科（陈刚），胸部肿瘤内科（林根）；复旦大学附属中山医院病理科（纪元）；复旦大学附属肿瘤医院胸部肿瘤内科（王佳蕾）；广东省人民医院病理科（崔倩）；广州医科大学附属肿瘤医院胸外科（周明）；河南省人民医院病理科（徐紫光），肿瘤中心（仓顺东）；河南省肿瘤医院分子病理科（魏冰）；湖北省肿瘤医院病理科（岳君秋）；吉林大学第一医院病理科（段秀梅）；江苏省人民医院病理科（张智弘）；江苏省肿瘤医院肿瘤内科（史美祺）；陆军军医大学大坪医院病理科（王秋实）；南京大学医学院附属鼓楼医院肿瘤科（王立峰）；山东大学齐鲁医院肿瘤内科（郝静）；上海交通大学医学院附属瑞金医院病理科（董磊）；上海市胸科医院 上海交通大学医学院附属胸科医院病理科（韩昱晨）；首都医科大学附属北京胸科医院病理科（车南颖）；天津医科大学肿瘤医院肺部肿瘤内科（黄鼎智）；新疆医科大学第一附属医院病理科（崔文丽）；右江民族医学院附属医院病理科（朱晓莹）；浙江大学医学院附属邵逸夫医院病理科（胡晓彤）；郑州大学第一附属医院病理科（姜国忠）；中国科学技术大学附属第一医院肿瘤科（潘跃银）；中国医学科学院 北京协和医学院 肿瘤医院内科（王志杰）；中国医学科学院肿瘤医院深圳医院病理科（黄文亭）；中南大学湘雅医院病理科（肖德胜）；中山大学附属肿瘤医院分子诊断科（王芳）